一段时间以来，科研经费申请使用中存在的预算编制繁琐、项目申报流程长、经费拨付进度慢、报销难等问题，耗费了科研人员大量的时间和精力，也影响了他们创新的积极性。
为让科研人员能够心无旁骛地扎根学术，意见提出，简化预算编制，进一步精简合并预算编制科目，按设备费、业务费、劳务费三大类编制直接费用预算；下放预算调剂权，设备费预算调剂权全部下放给项目承担单位，不再由项目管理部门审批其预算调增。
科学研究具有不确定性，但经费预算却要对未来的科学活动进行具体详细的预测。针对这一矛盾，意见提出，扩大经费包干制实施范围，在人才类和基础研究类科研项目中推行经费包干制，不再编制项目预算。并鼓励有关部门和地方在从事基础性、前沿性、公益性研究的独立法人科研机构开展经费包干制试点。
经费管理改革的步伐也能让科技创新跑出“加速度”。意见要求，从三方面完善科研项目经费拨付机制。项目管理部门要根据不同类型科研项目特点、研究进度、资金需求等，合理制定经费拨付计划并及时拨付资金；加快经费拨付进度，财政部、项目管理部门可在部门预算批复前预拨科研经费；改进结余资金管理，项目完成任务目标并通过综合绩效评价后，结余资金留归项目承担单位使用。
为加大科研人员激励力度，意见提出了提高间接费用比例、扩大劳务费开支范围、合理核定绩效工资总量、加大科技成果转化激励力度等多项措施。根据意见要求，稳定支持科研经费提取奖励经费试点范围将扩大到所有中央级科研院所。
此外，针对科研人员烦恼的经费报销难、报销慢等问题，意见还提出，减轻科研人员事务性负担。具体包括为科研人员在预算编制、经费报销等方面提供专业化服务；改进财务报销管理方式，推进科研经费无纸化报销试点；简化科研仪器设备采购流程，对科研急需的设备和耗材采用特事特办、随到随办的采购机制，可不进行招标投标程序等。