近年来，研究人员从海藻内分离出了多种生物活性肽，包括抗肿瘤肽、抗氧化肽、抗菌肽、抗病毒肽等。尤其是海藻中的蛋白质同牛奶、乳制品中的生物活性肽一样，具有辅助降血压的功效，其作用方式类似于血管紧张素转化酶抑制药。由于海藻种类繁多、生长环境良好、易于培养，这使得海藻成为待开发生物活性成分的一种优良资源，海藻中生物活性成分的应用潜力有待进一步探究。
紫菜蛋白水解产生的小分子肽具有良好的抗氧化活性，可以作为生物活性物质开发保健食品或应用于食品工业。由于藻胆蛋白有鲜艳的色泽，因此可用来作为天然色素应用于食品、化妆品和染料等，是工业理想且安全的添加剂。藻蓝蛋白特有的蓝色可以和藻红蛋白的红色以不同比例混合，可以达到其他染料所不能达到的效果。在发达国家藻胆蛋白天然色素的开发被广泛重视。
在美国，藻胆蛋白被列为FDA安全性产品。我国台湾地区已经成功开发出藻胆蛋白和藻胆色素取代人工色素，用于翠绿鲜红凉面、口香糖、藻酱油等食品的着色。除此之外，藻红蛋白能够发出强烈的荧光，因此可以将其与生物素、亲和素或各种单克隆抗体结合制成荧光探针，用于癌细胞及病毒表面抗原检测，以及蛋白质、核酸等生物大分子的分析工作中。
