肠道菌群的健康与我们的能量水平之间也存在着联系，特别是在慢性疲劳综合征中很明显，患有慢性疲劳的人：
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肠道微生物多样性更低
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产短链脂肪酸等有益代谢物的细菌更少，它们是制造ATP所需要的
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产内毒素等有害的炎症代谢物的细菌更多
事实上，研究人员甚至可以仅根据一个人的肠道菌群组成和血液中炎症分子的浓度，来预测一个人是否患有慢性疲劳综合征，准确率可达90%。
1、肠漏和炎症
肠道菌群失调可导致我们的肠道通透性增加，即肠漏。
当健康的细菌减少而有害细菌激增时，有害细菌会产生更多的炎症性、致癌性和基因毒性分子，超过了肠道菌群和免疫系统的处理能力，这就会造成我们的肠道、血液和身体其它部分之间的屏障的炎症和功能障碍。
我们的消化系统与我们的肠道菌群协同工作，将我们所吃的食物分解成我们正常工作所需的营养物质。当这些分子足够小时，它们就会穿过我们的肠壁，被吸收进入血液。然后，这些分子会被输送到我们身体的数万亿个细胞中，在那里线粒体正等待着它们。
我们的肠壁屏障可以防止外来分子进入我们的血液，包括有害细菌、病毒、未完全消化的食物分子、有害细菌产生的有毒代谢物，以及其它不应该进入的化合物。
当我们失去微生物多样性时，我们的肠壁会出现“漏洞”，肠漏因此而得名。当肠漏发生时，那些本不该进入的物质会穿过肠壁进入血液，并被带到我们身体的各种器官、组织和细胞。
我们的免疫系统会全速运转，试图消灭它们。这种免疫反应的自然产物就是炎症，这意味着肠漏是慢性低度炎症的另一个来源，会破坏我们的线粒体，导致它们的功能障碍和能量产生减少。2、肠道黏膜屏障破坏
肠道屏障最重要的组成部分之一是一层富含免疫细胞和抗菌肽的厚厚的黏液，有助于抵御细菌、真菌、病毒和寄生虫。这个黏液层是我们肠道细菌和肠壁之间的屏障，它可以阻止促炎症的内毒素和抗原不受控制的吸收，这些都会刺激有害的炎症反应。
黏液层的正常发育在很大程度上依赖于健康的肠道菌群。例如，清除肠道微生物后会导致黏液层变薄和变弱，而重新定植健康的肠道微生物后可以逆转。
当一个人的肠道菌群失衡时，也会发生类似的情况。富含碳水化合物的黏液可以为肠道中许多类型的细菌提供宝贵的食物来源。通常情况下，细菌吞食黏液层不会造成什么问题，我们的身体会在一天中补充液。
3、短链脂肪酸不足
当我们缺乏有益细菌时，我们的肠道就不能产生那些重要的与能量产生相关的代谢物，比如乙酸、丙酸和丁酸等短链脂肪酸。
短链脂肪酸有助于调节体内的各种过程，它们对我们的新陈代谢、食欲、身体组成和免疫功能都有有益的影响。它们是产生能量最好的来源之一，比其它脂肪酸更好。短链脂肪酸丁酸可以自由的进入线粒体，不需要伴侣蛋白或转运蛋白。它们可以非常轻松地进入线粒体，刺激能量产生所必需的过程。这在线粒体功能失调时尤其有用。丁酸会增加线粒体能量的产生，并增加肝脏和骨骼肌使用脂肪作为能量来源的能力，从而防止脂肪肝和胰岛素抵抗的发生。
尿石素A是一种强大的线粒体自噬诱导剂，有助于阻止老化和受损的线粒体积累，从而减少这种积累导致的氧化应激、代谢性疾病和能量水平降低。4、内毒素吸收过多
当某些细菌死亡时，它们会释放出内毒素，这是一种炎症分子。当内毒素渗漏穿过肠壁进入血液时，会造成一系列破坏。例如，内毒素脂多糖（LPS）是我们的免疫系统可感知的最突出的“警报分子”，作为感染的早期警告信号。当脂多糖进入血液时，它会引起强大的免疫反应，即使从未发生感染。这会导致很多炎症，如果这种情况经常发生，就会对身体造成巨大的冲击。
内毒素也是线粒体功能的强大干扰物。当线粒体暴露于LPS等内毒素时，它会增加氧化应激，破坏线粒体膜的稳定性，导致DNA断裂和细胞死亡，并强烈抑制能量的产生。一项研究表明，慢性疲劳患者血液中的细菌内毒素水平就显著升高了。
5、必需营养素缺乏
食物是我们的能量来源。我们的消化系统将我们所吃的东西分解成我们生存所需的各种营养素，我们的线粒体也需要它们来制造能量。但是，当我们正在与肠道菌群失调和肠漏作斗争时，它会通过以下几种方式使我们易于营养缺乏：
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我们会避免某些食物，因为它们会引起不适
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由于腹泻等问题导致营养损失增加
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由于肠道受损或发炎而导致营养吸收减少
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肠道修复所需的营养增加
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用于缓解肠道不适的药物会导致的营养物质的排出增加
研究发现，患有慢性疲劳综合征的成年人体内维生素和矿物质的水平往往较低，其中包括维生素D、维生素E和镁，这些都对优化细胞能量产生至关重要。这并不是说你个人有营养吸收问题，只是说肠道健康状况不佳和疲劳之间存在联系。
